A Assassin's Creed - Revelations játék ott folytatódik, ahol a Brotherhood befejeződött: a modern kori főhős, Desmond Miles kómába esett, miután a rejtett pengével leszúrta Lucyt. Hogy megmentsék Desmond tudatát, az Asszaszinok az Animus egy védett helyre küldték azt, az úgynevezett Fekete szobába. Desmond felébred, és találkozik a 16-os alannyal, aki előtte használta az Animust. Ő elmagyarázta Desmondnak, hogy az agya "töredezett", és csak úgy egyesítheti azt, ha eléri az úgynevezett Nexus szinkronizációt, vagyis amikor már semmi újat nem tudhat meg őseitől, és az Animus képessé válik elkülöníteni a három személy emlékeit.