A Minecraft: Story Mode első évadának első epizódja, „The Order of the Stone”, a játékosokat egy izgalmas kalandba vezeti Jesse és barátai oldalán. A történet középpontjában a legendás „Kő Rendje” áll – egy hősies csapat, akik egykor legyőzték az Ender Dragont, és ezzel megmentették a világot. Jesse és társai nagy rajongói ennek a rendnek, és részt vesznek az EnderCon nevű rendezvényen, ahol remélik, hogy találkozhatnak egyik tagjával, Gabriel the Warriorral.
Az események azonban váratlan fordulatot vesznek, amikor egy pusztító teremtmény, a Wither Storm szabadul el, fenyegetve az egész világot. Jesse és barátai kénytelenek útra kelni, hogy újra egyesítsék a Kő Rendjének tagjait, és együtt szálljanak szembe ezzel az új veszéllyel. A kaland során bejárják a Minecraft univerzum különböző területeit, beleértve az Overworldöt, a Nether-t és a The Endet is.
A játék során a játékos döntései alakítják a történet menetét, befolyásolva a karakterek közötti kapcsolatokat és a cselekmény alakulását. A Minecraft: Story Mode első epizódja tehát egy izgalmas bevezetés a sorozatba.
