Mephiles the Dark először a "Sonic the Hedgehog" (2006) játékban tűnt fel, amelyben ő volt az egyik főgonosz. Ő az idő manipulálása révén keletkezett, amikor a Solaris nevű entitás három részre szakadt. Mephiles egy gonosz és manipulatív karakter, aki azon dolgozik, hogy összezavarja a Sonic és barátai életét, valamint világot fenyegető veszélyt okozzon.

A játék történetében Mephiles manipulálja Shadow the Hedgehogot, hogy segítsen neki összeállítani az időtlen Scepter of Darkness-t, amellyel újraegyesíthetőek a Solaris részei. Ennek eredményeként kaotikus idővonalak és események következnek be, amelyek megzavarják a jelen és a jövő közötti határokat.

Mephiles karaktere rejtélyes és sötét, és komoly veszélyt jelent a Sonic és barátai számára. A karakter játékmenete során képes idő manipulációra és különféle erők kifejtésére, ami nehézzé teszi az őt megállító hősök számára a küzdelmet.